Franz Josef Stoiber lernte während seiner Schulzeit Orgel beim Passauer Domorganisten Walther R. Schuster und beim Regensburger Domorganisten Eberhard Kraus, studierte Kirchenmusik und Musiktheorie an der Musikhochschule in Würzburg (Orgel bei Prof. G. Kaunzinger und Prof. G. Weinberger, Tonsatz bei Prof. Z. Gárdonyi), Künstlerisches Hauptfach Orgel an der Musikhochschule in Stuttgart (bei Prof. Jon Laukvik) und Orgelimprovisation bei Prof. Peter Planyavsky (Wien).
Nach dreijähriger Tätigkeit als hauptamtlicher Musikalischer Assistent am Dom in Würzburg und als Lehrbeauftragter für Musiktheorie an der Musikhochschule Würzburg folgte Stoiber 1989 einem Ruf als Dozent für Orgel und Musiktheorie an die Fachakademie für kath. Kirchenmusik und Musikerziehung, heute Hochschule für Katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg.
Am 1. März 1996 wurde Franz Josef Stoiber zum Domorganisten am Dom St. Peter in Regensburg berufen; seit 1997 ist er auch als Orgellehrer bei den "Regensburger Domspatzen" tätig.
2003 erhielt Franz Josef Stoiber eine ordentliche Professur für Orgel (Schwerpunkt Liturgisches Orgelspiel/Improvisation) an der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik Regensburg, die er seit Oktober 2003 als Rektor leitet.
Konzerte, CD-Produktionen, Gastdozenturen (u.a. in Deutschland, Portugal, Kroatien und Japan), kompositorische Tätigkeit, Aufsätze und Buchveröffentlichungen ergänzen seine Aktivitäten.
Programm am 04.09.2011:
Johann Pachelbel Fantasia in g
(1653 – 1706)
Toccata in e
Georg Muffat Toccata
septima
(1653 – 1704)
Johann Sebastian
Bach Kleine Praeludien und Fugen in C, e
und G
(1685 – 1750)
Joseph Haydn Drei Stücke für Flötenuhr
(1732 – 1809)
Wolfgang Amadeus Mozart Andante F-Dur (KV 616)
(1756 – 1791)
Franz Josef Stoiber Improvisation über ein Kirchenlied
(1959)